1）芯片实验为体外实验，芯片上每个蛋白点相互独立，保证筛选到的互作蛋白均为目标蛋白的直接结合蛋白，数据分析简单；Pull down-LC/MS 检测到的是与小分子有结合的蛋白复合物，不一定是直接结合的蛋白。

2）Pull down 使用细胞内的蛋白进行检测，如果细胞中目的蛋白表达量少的话，拉下来的互作蛋白也少，质谱打出来目的蛋白的可能性也很小。

3）在不同组织、细胞、细胞器中，蛋白的表达丰度差异很大，传统的 Pull down 等实验很难发现低丰度蛋白，人类蛋白组芯片上的蛋白是酵母纯化表达的蛋白，可以保证每种蛋白的丰度，芯片实验容易发现潜在的结合蛋白。

4）利用人类蛋白组芯片实验筛选互作蛋白，从蛋白质层面分析互作数据，避免了Pull down后质谱鉴定时，从多肽水平跨层分析互作蛋白的不确定性和复杂性。