中医中药是个大宝库,由于很多中药本身具有明确的临床疗效,因此,只要对中药和中药单体化合物的治疗机理进行深入研究,不仅可以为开发新药物提供科学基础,而且对于认识疾病的发病机理和找到新的治疗靶点也将起到至关重要的作用。
在此列举了近期发表的部分中药小分子的高水平研究文章,我们可以看到,要想将中药小分子研究进一步拔高,寻找到其直接作用靶点是至关重要的一步。
部分经典中药分子靶点文章
那么采用何种技术手段来实现中药小分子的直接靶点确认呢?在此以目前广受关注的热点天然产物雷公藤红素(Celastrol)的直接靶点发现为例,为大家介绍两种常见的技术手段:1)基于活性的蛋白质分析(Activity-based protein profiling,简称ABPP)技术;2)20K人类蛋白质组芯片技术。
01 ABPP技术发现雷公藤红素抗肝纤维化和脑缺血再灌注损伤的直接靶点
2021年9月,中国中医科学院中药研究所王继刚研究员在J Neuroinflammation(IF=9.587)上发表题为“Celastrol exerts a neuroprotective effect by directly binding to HMGB1 protein in cerebral ischemia-reperfusion”的研究文章。研究通过ABPP技术发现雷公藤红素通过直接结合HMGB1,在缺血缺氧微环境中阻断 HMGB1与其炎症受体的结合,从而抑制其促炎活性,在脑 I/R 损伤中表现出神经保护和抗炎作用。
图1 雷公藤红素治疗脑缺血再灌注损伤的直接靶点
2022年5月,该课题组在Acta Pharm Sin B(IF=14.911)上发表题为“Celastrol induces ferroptosis in activated HSCs to ameliorate hepatic fibrosis via targeting peroxiredoxins and HO-1”的研究文章。研究通过ABPP技术筛选结合CETSA和Pulldown+WB验证,发现雷公藤红素靶向PRDX并上调其在活化的肝星状细胞(HSC)中的表达,促进ROS产生和诱导活化的HSC铁死亡来发挥抗纤维化作用。
图2 雷公藤红素治疗肝纤维化的直接靶点
02 人类蛋白质组芯片发现雷公藤红素治疗心肌肥厚和胃癌的直接靶点
2020年2月,温州医科大学梁广教授在Circ Res(IF=23.213)上发表题为“Celastrol Attenuates Angiotensin II–Induced Cardiac Remodeling by Targeting STAT3”的文章。研究人员利用人类蛋白质组芯片筛选雷公藤红素互作蛋白,发现雷公藤红素通过结合于STAT3的第207位氨基酸抑制了Ang II诱导的STAT3核转移,通过结合于第635/637位氨基酸抑制了Ang II诱导的STAT3磷酸化,促进肥大纤维化相关基因的表达,发挥心脏保护功能。
图3 雷公藤红素治疗心肌肥厚的直接靶点
2020年8月,该课题组在Theranostics(IF=11.600)上发表题为“Celastrol induces ROS-mediated apoptosis via directly targeting peroxiredoxin-2 in gastric cancer cells”文章。研究人员利用人类蛋白质组芯片筛选雷公藤红素互作蛋白发现,雷公藤红素可直接结合并抑制PRDX2蛋白活性,进而上调氧化应激水平,最终达到杀伤胃癌细胞效果。
图4 雷公藤红素治疗胃癌的直接靶点
1)ABPP技术
在化学蛋白质组学技术中,最常用的是基于活性的蛋白质分析(Activity-based protein profiling,简称ABPP),该方法通过结合活性分子探针标记和串联质谱分析,实现靶蛋白的鉴定。该技术的优点在于:ABPP技术是基于活细胞的靶点鉴定技术,不同细胞类型和疾病状态下,中药小分子结合的靶点可能不一致,故ABPP技术鉴定的蛋白靶点可能更接近于真实天然条件下的靶点。
2)人类蛋白质组芯片
20K人类蛋白质组芯片是目前通量最高的蛋白质芯片,重组蛋白采用酵母表达系统,逐个进行表达与纯化鉴定。在芯片上每个蛋白质均设置技术重复,并设有多种质控点,确保实验体系稳定可靠。该芯片同样是小分子靶标研究中强有力的工具,该技术的优点在于:无需细胞培养和转染实验,可确定直接结合蛋白,无需质谱鉴定,一张芯片确定的靶点信息可能同时适用于其他疾病或细胞类型。
总之,ABPP技术和20K人类蛋白质组学作为筛选中药小分子靶点的两种技术手段,均有着自己独特的优势,也均有很多高水平文章的发表,具体采用哪种手段需结合我们具体的实验情况确定。
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1)中药/复方的有效成分高精度鉴定;
2)中药有效成分与代谢物组织空间分布
3)小分子化合物批量标记(生物素/炔基/荧光)
4)小分子钓靶(标记法):20K人类蛋白组芯片/ ABPP
5)小分子钓靶(非标记法):DARTS /Lip-MS/ CETSA
6)膜蛋白靶点筛选技术:SPIDER / MPA
7)药物调控通路筛选:磷酸化抗体芯片/磷酸化蛋白组
8)SPR表面等离子共振(分子动力学)
9)药-靶结合位点分析(高分辨质谱/分子对接)
10) PET-CT与药物分布小动物活体成像
11)天然产物化合物库筛选