屠鹏飞/曾克武团队在中药活性成分靶点研究中取得一系列重要成果—上
分类:科学前沿 发布时间:2024-05-04 21:20:13
中药活性成分筛选及活性成分靶点机制一直是中医药研究中的难点,北京大学屠鹏飞/曾克武团队深耕于中药机制研究领域,在这一领域取得了显著的成就。

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中药活性成分筛选及活性成分靶点机制一直是中医药研究中的难点,北京大学屠鹏飞/曾克武团队深耕于中药机制研究领域,在这一领域取得了显著的成就。团队依托于北京大学药学院的科研平台,利用现代科学技术,深入挖掘中药中的活性成分,并探究这些成分在分子和细胞层面的作用机制。疾病方向涉及糖尿病并发症等。为中药现代化和国际化做出了重要贡献。他们的工作展示了如何将传统中药与现代生物医学相结合,发现和验证新的药物作用机制,为中药活性成分的研究和应用开辟了新的道路。

团队的研究成果已在多个国际知名学术期刊上发表,如《Signal Transduction and Targeted Therapy》、《ACS central science》和《Acta pharmaceutica Sinica. B》等,这些论文不仅展示了他们在中药活性成分靶点研究方面的深入理解,也体现了他们在转化医学和药物开发方面的前瞻性思维。通过这些工作,屠鹏飞/曾克武团队正在推动中药现代化进程,并为全球患者提供新的治疗选择。

本文以时间顺序为大家系统性展示文章思路,供大家学习。

01  神经保护:药物(Protosappanin A)—靶点(14-3-3ζ)

2020年12月屠鹏飞/曾克武团队在Therantstics上发表题为“Allosteric regulation of protein 14-3-3ζ scaffold by small-molecule editing modulates histone H3 post-translational modifications”的论文,揭示了Protosappanin A作用与14-3-3蛋白的作用机制。

作为关键支架蛋白家族,14-3-3蛋白可能是一种潜在的转录调控因子,能够通过影响组蛋白 PTM 模式来靶向组蛋白和调节基因表达。在本研究中,研究团队通过正向靶点筛选(HSPR)药物筛选到一种天然化合物Protosappanin A,对14-3-3亚型ζ(14-3-3ζ)具有特异性结合能力,并通过CETSA的方法筛选Protosappanin A的结合蛋白,14-3-3ζ也在其中,双向证实Protosappanin A与14-3-3ζ蛋白特异性结合,并研究发现Protosappanin A直接促进了14-3-3ζ二聚化,并特异性抑制了其与组蛋白H3的相互作用,这导致了多个组蛋白H3修饰位点的暴露,用于调节PTM模式。此外,14-3-3ζ依赖性组蛋白H3修饰通过修饰内质网(ER)应激和自噬溶酶体基因表达谱发挥神经保护作用。

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02  动脉闭塞:药物(Echinacoside)—靶点(CK2α')

2021年2月屠鹏飞/曾克武团队在Signal transduction and targeted therapy上发表题为“Small molecule induces mitochondrial fusion for neuroprotection via targeting CK2 without affecting its conventional kinase activity”的文章,本研究发现,从天然产物中提取的小分子药物Echinacoside能够显著促进线粒体融合,对神经保护具有积极作用。Echinacoside通过选择性结合并共价修饰蛋白激酶CK2的α'亚基(CK2α'),诱导线粒体融合,但并不改变其传统的激酶活性。Echinacoside与CK2α'结合导致蛋白构象变化,招募转录因子3(BTF3)形成复合体,进而促进catenin的核转位,激活TCF/LEF转录因子,刺激线粒体融合基因Mfn2的转录。在小鼠大脑动脉闭塞(MCAO)模型中,Echinacoside给药显著改善了脑损伤和行为缺陷,通过增强Mfn2表达发挥作用。研究结果首次揭示了CK2在线粒体融合中的关键作用,并为缺血性中风的治疗提供了新的策略,即药物靶向CK2。

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03  肝细胞癌:药物(Bufalin)—靶点(SDC4)

2021年5月屠鹏飞/曾克武团队在Cell death & disease上发表题为“Therapeutic potential of targeting membrane-spanning proteoglycan SDC4 in hepatocellular carcinoma”的文章,本研究探讨了膜蛋白糖链SDC4(Syndecan-4)作为肝细胞癌(HCC)治疗靶点的潜力,并研究了小分子化合物Bufalin对HCC的抗肿瘤作用及其机制。研究人员通过CETSA、DARTS 、Pull Down等技术筛选及验证Bufalin能直接与SDC4结合,通过促进SDC4与DDX23蛋白的相互作用,诱导HCC细胞基因组紊乱,抑制HCC细胞的增殖和迁移。此外,Bufalin还通过影响MMPs和p38/JNK MAPK信号通路来发挥作用。体内外实验均证实Bufalin显著抑制HCC细胞的增殖、迁移和血管生成。研究还利用蛋白质组学和生物信息学方法揭示了Bufalin调控的信号网络。这些结果表明,SDC4是HCC治疗的一个有希望的药物靶点,而Bufalin作为靶向SDC4的新型小分子化合物,对HCC患者具有潜在的治疗价值。

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04  卒中:药物(Brazilin)—靶点(DOHH)

2022年2月屠鹏飞/曾克武团队在Pharmacological research上发表题为“Deoxyhypusine hydroxylase as a novel pharmacological target for ischemic stroke via inducing a unique post-translational hypusination modification.”的文章,研究发现Brazilin对再灌注损伤具有显著的神经保护作用,特别适用于缺血性卒中的治疗,并通过20K人类蛋白质组芯片技术筛选出脱氧羟化酶(DOHH)为Brazilin的关键靶点,Brazilin通过与DOHH的Cys232残基结合,诱导了一种新的变构效应,这一效应显著增强了DOHH的催化活性,Brazilin介导的DOHH激活可以通过DOHH/eIF5A催眠信号通路增强线粒体的功能和形态维持,这对于防止体外和体内的缺血性神经元损伤至关重要。通过这种机制,Brazilin不仅提高了线粒体功能,还有助于维持细胞形态的稳定,从而对抗缺血引起的细胞损伤。

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05  血栓:药物(XJ-8)—靶点(MAP3K3)

2022年3月屠鹏飞/曾克武团队在Journal of thrombosis and haemostasis上发表题为“XJ‐8, a natural compound isolated from Sanguis draxonis, inhibits platelet function and thrombosis by targeting MAP3K3”的文章,本研究探讨了从中国传统药材血竭(Sanguis draxonis)中分离出的天然化合物XJ-8对血小板功能和血栓形成的影响。研究发现,XJ-8能够显著抑制多种激动剂诱导的血小板密集颗粒释放、血栓素A2(TxA2)合成及血小板聚集,且对出血时间有延长作用,并在体内外实验中显示出对血栓病的治疗效果。XJ-8选择性地抑制了丝裂原激活蛋白激酶激酶3(MAP3K3)的活性及其下游信号通路的激活,这些信号通路在血小板激活中起着重要作用。因此,XJ-8通过靶向MAP3K3抑制血小板功能和血栓形成,并有可能被开发成为治疗血栓病的新型药物。

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06  神经炎症:药物(Epoxymicheliolide)—靶点(H2B) 

2022年3月屠鹏飞/曾克武团队在Pharmacological research上发表题为“Epoxymicheliolide directly targets histone H2B to inhibit neuroinflammation via recruiting E3 ligase RNF20”的文章,本研究发现了一种天然的小分子Epoxymicheliolide,通过SPRi 平台筛选Epoxymicheliolide的结合蛋白,并通过SPR、DARTS和CETSA等技术验证Epoxymicheliolide与H2Bub1确实直接结合 ,Epoxymicheliolide在体外和体内抑制小胶质细胞介导的神经炎症。机制研究表明,Epoxymicheliolide 共价修饰 H2B 中先前未公开的赖氨酸46位点 (K46),并募集 E3 泛素连接酶 RNF20 以促进 H2Bub1 位点 K120的泛素化。ChIP-seq 和转录组学进一步揭示,Epoxymicheliolide介导的 H2Bub1 显著破坏 AP-1 募集到促炎基因启动子以使小胶质细胞失活。

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07  糖尿病:药物(Schisandrol A)—靶点(ATP6V0D1)

2022年10月屠鹏飞/曾克武团队在Acta pharmaceutica Sinica. B上发表题为“Schisandrol A protects AGEs-induced neuronal cells death by allosterically targeting ATP6V0d1 subunit of V-ATPase”的文章,本研究发现,来源于五味子的天然小分子化合物Schisandrol A对糖尿病引起的神经损伤具有显著的保护作用。研究团队通过Pull down实验筛选到Schisandrol A的结合蛋白:ATP6V0D1;Schisandrol A能够通过别构调节作用靶向定位于溶酶体的ATP6V0D1亚基,这是V-ATPase的一个重要亚基。Schisandrol A通过结合ATP6V0D1的特定位点,促进了V-ATPase依赖的溶酶体酸化,进而通过选择性地促进线粒体BH3-only蛋白BIM的降解,维持线粒体稳态和神经元细胞的生存。这些发现表明,ATP6V0D1是一个有价值的药物靶点,可用于治疗糖尿病相关的神经损伤,并且Schisandrol A作为首个结合分子,通过别构激活V-ATPase来促进溶酶体酸化,为预防糖尿病神经病变提供了新的方向。

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总结与讨论

北京大学屠鹏飞/曾克武团队的文章研究即广又深,涉及多种活性化合物筛选技术:HSPR及靶点筛选技术: 20K人类蛋白质组芯片、pull down、DARTS和CETSA,可为中医药研究提供前沿思路。

本文整理部分内容,后续文章解读见下篇文章。

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2)中药有效成分与代谢物组织空间分布

3)小分子化合物批量标记(生物素/炔基/荧光)

4)小分子钓靶(标记法):20K人类蛋白组芯片/ ABPP

5)小分子钓靶(非标记法):DARTS /Lip-MS/ CETSA

6)膜蛋白靶点筛选技术:SPIDER / MPA

7)药物调控通路筛选:磷酸化抗体芯片/磷酸化蛋白组

8)SPR表面等离子共振(分子动力学)

9) 药-靶结合位点分析(高分辨质谱/分子对接)

10) PET-CT与药物分布小动物活体成像

11)天然产物化合物库筛选